Doch seine Kritik an der Katholischen Kirche und am Papst führte dazu, dass ihm die Deutsche Bischofskonferenz Ende 1979 die kirchliche Lehrerlaubnis entzog.
Damit er aber weiterhin lehren konnte, gliederte die Uni Tübingen sein damaliges Institut für Ökumenische Forschung aus der Katholisch-Theologischen Fakultät aus. 1980 wurde Küng fakultätsunabhängiger Professor für Ökumenische Theologie und Direktor des Instituts für Ökumenische Forschung. Von da an beschäftigte sich Küng mit den Weltreligionen und widmete sich seinem „Projekt Weltethos". Die zentrale These des Projekts: Weltfrieden ist nur dann möglich, wenn sich die Religionen versöhnen.
Damit schuf er die Grundlage dafür, den Menschen gemeinsame Werte bewusst zu machen, die ein gutes Zusammenleben ermöglichen. Um das „Projekt Weltethos" voranzubringen, gründete Küng 1995 die Stiftung Weltethos.
Die Präsidentschaft der Stiftung hatte er bis 2013 inne, dann übergab er sie an Eberhard Stilz. Dieser trauert um den verstorbenen Gründer: „Mit Hans Küng verlieren wir einen visionären Vordenker für eine gerechtere und friedlichere Welt", heißt es in einer Pressemitteilung der Stiftung. Auch Tübingens Oberbürgermeister Boris Palmer würdigt den bekannten Theologen. Er bezeichnet Küng als „eine der großen geistigen Persönlichkeiten unserer Zeit".
Hans Küng erhielt für seine Arbeit viele Auszeichnungen, darunter das Bundesverdienstkreuz. Tübingen verlieh ihm 2002 das Ehrenbürgerrecht. Nun wird er seine letzte Ruhe auf dem Stadtfriedhof finden.
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